Der Schwerpunkt der historischen Sammlung liegt auf Kulturgut aus Stadt und Region St.Gallen. Besonders erwähnenswert sind die Zeugnisse der Stadt- und Textilgeschichte. Im Zusammenhang mit den Period Rooms im Museum, originalen Zimmern aus verschiedenen Regionen des Kantons, wurden Ausstattungs- und Alltagsgegenstände aus früheren Zeiten gesammelt wie Möbel, Geschirr, Textilien oder Kleidung. Auch die Bereiche Bauernmalerei, Sakralkunst und Kunsthandwerk – Schweizer Porzellan, Glasgemälde, Silber und Uhren – sind mit herausragenden Exemplaren vertreten.
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